Andrew Gitahi Marete: Dechifrering af malkekvægs genomik

Ph.d.-forsvar, 19. oktober 2018. Andrew Gitahi Marete.

19.10.2018 | Lisbeth Heilesen

Andrew Gitahi Marete

I løbet af sine ph.d.-studier har Andrew Gitahi Marete undersøgt de forskellige metoder til validering af genetiske kandidatvarianter, som kan bidrage til større genomiske gevinster i malkekvæg. Ved hjælp af bioinformatik og statistiske metoder samt en kombination af data fra 50k SNP-chiparrayvarianter og forhåndsudvalgte komplette genomsekvensvarianter har han undersøgt forskellige metoder til at selektere kandidatgener. Da sekvensdata indeholder varianter, som direkte påvirker de kvantitative træk og de varianter, som er tæt knyttet til dem, vil validering af sådanne varianter i teorien kunne øge nøjagtigheden af den genomiske selektion.

Endvidere har Andrew Gitahi Marete undersøgt forekomster af additiv varians, dominansvarians og epistasi-varians, som forklares af varianter med stor effekt. Dominansvariansen var ensartet på tværs af racer og træk og repræsenterede ca. 20% af den additive genetiske varians. Beregningerne af epistasi-variansen udviste en større variation på gennemsnitligt 7% og maksimalt 19% af den additive genetiske varians på tværs af racer og træk. Resultaterne viser, at forhåndsudvalgte sekvensvarianter potentielt vil kunne forbedre den genomiske prædiktion, lige som en nærmere bestemmelse af de ikke-additive varianser vil kunne forstærke denne forbedring yderligere.

Andrew Gitahi Marete har gennemført ph.d.-studiet på GABI unit ved AgroParisTech og INRA, og på Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Science and Technology, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: Fredag d. 19. Oktober 2018, kl. 14.00
Sted: 16 rue Claude Bernard, AgroParisTech, Paris, France
Afhandlingens titel: Use of large-scale cow genotyping to dissect dairy complex traits beyond additive effects
Kontaktinfo: Andrew Gitahi Marete, e-mail: andrew.marete@mbg.au.dk, tlf.: +4571567719
Bedømmelsesudvalg:
Professor Etienne Verrier, UMR GABI, AgroParisTech, France
Professor Just Jensen, Aarhus Universitet, Danmark
Professor Henk Bovenhuis, Wageningen University, Nederlandene
Professor Rainer Roehe, Scotland’s Rural College, United Kingdom
Professor Christa Kühn, Leibniz Institute for Farm Animal Biology, Tyskland
Dr. Christèle Robert-Granié, Deputy Director and Senior Scientist, GenPhySE INRA, Frankrig
Dr. Aurélien Capitan, Senior Scientist, ALLICE, Frankrig
Hovedvejleder:
Senior Scientist Dr Didier Boichard, UMR GABI, INRA, Frankrig
Professor Mogens Sandø Lund, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Sprog: PhD-afhandlingen forsvares på engelsk

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Science and Technology/GSST, Ny Munkegade 120, bygning 1520 og 1521, 8000 Aarhus C.

Talentudvikling