Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

En ny strategi til at sortere funktionel fra ikke-funktionel RNA

Aktiviteten af det menneskelige genom er enorm. Således bliver >75% af dets DNA transskriberet til RNA, og der er i øjeblikket en intens diskussion om, hvor meget af dette materiale er funktionelt. Danske forskere har nu fundet en metode, der kan hjælpe med at adressere dette spørgsmål.

20.11.2014 | Lisbeth Heilesen

Peter Refsing Andersen (tv) og Torben Heick Jensen. Foto: Lisbeth Heilesen.

Det humane genom rummer ud over dets ~20.000 protein-kodende gener et endnu større antal gener, der koder for såkaldt ”ikke-kodende RNA” (ncRNA). Mens nogle ncRNA’er er livsvigtige for kroppens celler, er der en løbende og heftig debat om, hvor mange af de resterende, der har klare molekylære funktioner. Dette er et vigtigt spørgsmål, idet antallet af cellens 'brugbare' gener vil stige dramatisk, hvis bare en del af disse ukendte ncRNA’er er funktionsdygtige.

Via et fælles forskningssamarbejde har forskere fra Københavns Universitet og Aarhus Universitet nu udviklet en kombineret eksperimentel og bioinformatisk metode, som klassificerer ncRNA baseret på deres biokemiske egenskaber. Strategien bygger på en systematisk kategorisering af humant RNA baseret på typen af dets transskriptionsinitiering, på dets samlede ekspressionsniveau og på dets følsomhed over for det RNA-nedbrydende exosome kompleks. Disse parametre er overraskende effektive til at klassificere de annoterede transskripter korrekt, herunder ncRNA med kendt funktion.

Selvom projektet viser, at de fleste ncRNA nedbrydes hurtigere end protein-kodende mRNA, lykkedes det forskerne også at identificere ukarakteriserede stabile ncRNA, der var skjult blandt et stort flertal ustabile transskripter. Dette indikerer, at de fleste ncRNA ikke har en funktion, der kræver høje cellulære niveauer – men at de, som har, er blevet identificeret. Forskerne kan nu analysere disse funktionelle mekanismer.

Postdocs Robin Andersson og Peter Refsing Andersen fra henholdsvis professor Albin Sandelins og professor Torben Heick Jensens gruppe, stod i spidsen for projektet, hvis resultater er publiceret i det prestigefyldte tidsskrift Nature Communications: Andersson et al., Nuclear stability and transcriptional directionality separate functionally distinct RNA species.


Mere information

Professor Torben Heick Jensen
Center for mRNP Biogenese and Metabolisme
Institut for Molekylærbiologi og Genetik
Aarhus Universitet
6020 2705, thj@mbg.au.dk

Forskning