I løbet af sit ph.d.-studium har cand.scient. Karim Rahimi forsket i at udtrykke et stamcelle specifik gen med henblik på at bruge det som en markør for cancer stamceller.

Karim Rahimi har undersøgt et ikke kodende gen – som hedder mikro-RNA 302 – for dets udtryk i forskellige stamceller. Formålet med undersøgelsen var at teste om dette gen kan bruges til markør for cancer stamceller. Sådan en markør kunne gøre det muligt at isolere cancer stamceller og dermed bedre undersøge dem.

Mikro-RNA’er er korte, ikke-kodende RNA’er, som kan regulere genudtryk og er involverede i mange biologiske processer. MiR-302s/367-genet koder for en miRNA-samling som udtrykkes under kontrol af stamcelle specifike faktorer som Oct4, Sox2 og Nanog. MiR-302 kan inducere somatiske celler til at blive pluripotente og undertrykke mRNA, som er nødvendig for differentiering.

Stamceller har visse unikke egenskaber til fælles med kræftstamceller, herunder at de er multipotente og deres evner til selvfornyelse.

I nærværende studie undersøges  muligheden for at bruge miR-302-regulatoriske sekvenser til at drive stamcellespecifikke udtryk af reportergener. Udtrykket af reporterne i embryonale stamceller under kontrol af en 2,1 kb lang upstream region var mindre end forventet. Ved brug af et luciferase-promoter testassay kunne dette forklares ved tilstedeværelsen af et repressor element, som lå mellem 600 bp og 850 bp oven for startstedet for transskription. Uafhængigt af længden af de regulatoriske sekvenser blev der observeret  en kraftig nedregulering af EGFP-reporteren i mus og i tumorer i forhold til embryonale stamceller, selvom transkriptet kunne måles ved PCR. Ved brug af neomycinfosfotransferase (neo) som reporter kunne der dog selekteres celler fra teratomaer som der blev  anvendt som tumormodeller til validering af metodens princip. Som  hypotesen forudsagde, var udtrykket af den miR-302-promoter-drevne reporter afhængig af, at cellerne var udifferentierede, og celler uden selektion tabte hurtigt deres stamcellekarakteristika.

Resultaterne bidrager til forståelse af, hvordan man kan bruge stamcelle-specifikke ikke-kodende gener til udtrykke af reporter-gene og hvordan man kan isolere cancer stamceller ved hjælp af selektionsmarkør.

Ph.d.-studiet er gennemført ved Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Science and Technology, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: Onsdag den 24. februar 2016, kl. 12.00
Sted: Bygning 1131, lokale 623, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet, C.F. Møller Allé 3, 8000 Aarhus C
Afhandlingens titel: Analysis of miR-302 host RNA as a stem cell marker
Kontaktinfo: Karim Rahimi, e-mail: karim@mbg.au.dk, tlf.: +45 8715 4952
Bedømmelsesudvalg:
Professor Branko Zevnik, In vivo Research Facility (ivRF), CECAD - Excellent in Aging Re-search, University of Cologne, Germany
Professor Jan Mollenhauer, Molekylær Onkologigruppen / Mollenhauergruppen, Institut for Moleckylær Medicin, Syddansk Universitet, Danmark
Professor Claus Oxvig (formand), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet, Danmark
Hovedvejleder:
Lektor Ernst-Martin Füchtbauer, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet, Danmark
Medvejledere:
Associate Professor Seyed Javad Mowla, Department of Molecular Genetics, Tarbiat Modares University, Tehran-Iran
Professor Fardin Fathi, Cellular-Molecular research center, Kurdistan University of Medical Science, Sanandaj-Iran
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk.

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Science and Technology/GSST, Ny Munkegade 120, bygning 1520, lokale 128-134, 8000 Aarhus C.