Niraj Shah: Generering af genetiske ressourcer for modelbælgplanten Lotus japonicus til hjælp for genkortlægning og opnå indsigt i dens populationsstruktur, migrationsmønstre og evolutionshistorie

Ph.d.-forsvar, tirsdag 31. januar 2017. Niraj Shah.

31.01.2017 | Lisbeth Heilesen

Niraj Shah

Lotus japonicus (Lotus) er en modelbælgplante og er undergået uddybende forskning, dog har denne været begrænset til identificering af gener involveret i bælgplante-rhizobium symbiose. For at fungere som modelorganisme, var det nødvendigt at udvikle ressourcer til identificering af gener i hele Lotus genomet og opnå indsigt i dens demografiske ydeevne og adaptiv evolution i Lotus, et område der fortsat er uudforsket. Under sine studier har Niraj beskrevet karakteriseringen af naturlig variation i modelbælgplanten Louts i to forskellige typer af populationer: rekombinante indavlede linjer (RILs) og naturlige økotyper indsamlet i Japan. Ved hjælp af analyse af sekventeringsdata fra at stort antal af RILs, har han konstrueret detaljerede genetiske kort, der muliggør QTL kortlægning og forbedring af referencegenomsekvensen. I anden halvdel af projektet analyserede han sekventeringsdata fra Lotus økotyper for at karakterisere deres populationsstruktur og kortlægge deres migrationsmønstre i Japan. Ydermere, økotypernes SNPs udgør nu en værdifuld ressource, der kan bruges i genome-wide associations studier.   

Ph.d.-studiet blev gennemført ved Institut for Molekylærbiologi of Genetik, Science and Technology, Aarhus Universitet

Dette resume er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: Tirsdag 31. januar 2017, kl 13.00
Sted:
Bygning 1252, lokale 310, Jeppe Vontillius Auditorium, Aarhus Universitet, Bartholins Allé 3, 8000 Aarhus C​
Afhandlingens titel:
Variant detection and population genetics analysis in Lotus japonicus
Kontaktinfo:
Niraj Shah, e-mail: nshah@mbg.au.dk, tlf.: +45 52 90 12 53
Bedømmelsesudvalg:

Professor Alan H. Schulman, Institute of Biotechnology, University of Helsinki
Professor Søren Bak, Institut for Plante- og Miljøvidenskab, Københavns Universitet
Professor Finn Skou Pedersen (formand), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Hovedvejleder:

Professor Jens Stougaard, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Medvejledere:

Professor Mikkel Heide Schierup, Center for Bioinformatik (BiRC) og Institut for Bioscience, Aarhus Universitet
Adjunkt Stig U. Andersen, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Sprog:
Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk

Forsvaret er offentligt
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Science and Technology (GSST), Ny Munkegade 120, bygning 1520, lokale 128-134, 8000 Aarhus C.

Talentudvikling