Molekylær genetik og systembiologi

Beskrivelse af forskningen

Husdyrene udgør en vigtig ressource af genetisk og fænotypisk variation, der kan udnyttes til at afsløre gener med betydning for stofskiftet, vækst, stress, immunsystemet, vært-patogen interaktion, adfærd, sundhed og arvelige sygdomme. Genetisk forskning har i de senere år stærkt forbedret vores kendskab til husdyrenes genomer, hvilket gør det muligt at udforske den molekylærgenetiske basis for fænotypisk variation hos husdyr. Forskningen skaber information, der kan anvendes i avlsarbejdet, og giver ny grundlæggende indsigt i genernes funktion og hermed øget forståelse af fænotyper.

Forskningsområder

Bo Thomsen:  

  • Kortlægning af QTL med betydning for sundheds- og produktionsegenskaber
  • Identifikation af sygdomsfremkaldende mutationer
  • Identifikation og funktionel karakterisering af mikroRNA gener i husdyrenes genomer
  • MikroRNA og mRNA ekspression i muskler i relation til vækst og differentiering, muskelarbejde og fænotypiske egenskaber
  • Karakterisering af genomisk strukturel variation

Christian Bendixen:

  • molekylærgenetiske teknikker hos husdyr
  • genetiske sygdomme hos svin og kvæg

Lars-Erik Holm:  

  • Genetisk kortlægning af gener og genetisk variation i specielt kvæg og får og med relevans for husdyravlen
  • Re-sekventering af udvalgte områder af kvægets genom m.h.p. identifikation af genetisk variation af betydning for kvægavlen

Knud Larsen:

Mit forskningsprojekt sigter mod at udvikle grise-modeller for humane neurodegenerative sygdomme, primært Parkinson’s sygdom (PD). Vi forsøger at generere transgene grise-modeller, der udvikler sygdommen. De nedarvede (familiære) typer af PD danner udgangspunkt for vore studier. Mutationer i mindst 15 forskellige navngivne humane gener vides at fremkalde arvelige former af Parkinson’s sygdom. Det eksperimentelle arbejde omfatter isolering og karakterisering af grisegener, hvis humane homologer/ortologer vides at være associeret med PD.

Det undersøges endvidere, hvorvidt splejsningsvarianter af de involverede gener kan være knyttet til sygdomsudvikling. Der udføres ekspressionsanalyser samt forsøg med overekspression af såvel vildtype gener samt muterede versioner heraf i forskellige pattedyrceller herunder også grise fibroblastceller. Transgene grise genereres med muterede versioner af udvalgte kandidatgener ved at benytte to forskellige teknikker til transgenese. Den ene er en kombination af homolog rekombination, nuclear transfer og dyrekloning, og den anden metode til transgenese anvender lentivirus. Endvidere forsøges det vedvarende at identificere naturlige grise-modeller for neurodegenerative sygdomme.

I forskellige andre forskningsprojekter beskæftiger jeg mig også med generel husdyrmolekylær-genetik.

Frank Panitz:

Analyse af genetisk variation. Et vigtigt mål med molekylær genetik er at forstå de komplekse interaktioner af genetiske påvirkninger ved at fortolke virkningerne af DNA-sekvensvariation.

Ved at anvende high-throughput-sekventeringsplatforme undersøger vi transskriptionsevnen og genetisk variation i forhold til fænotypiske træk i forskellige populationer eller individer (fx genetisk sygdomsresistens hos svin og kvæg). Applikationer spænder fra storskala genomisk (re)sekventering, transkript profiling og de-novo sekventering af bakterielle genomer til global SNP detektion og analyse af strukturelle variationer i komplekse genomer. Da de nye sekventeringsteknologier producerer enorme mængder af rå data, er vores hovedmål udvikling af bioinformatiske arbejdsgange, der omfatter programmering af scripts og algoritmer til at behandle og analysere genomgående data, herunder sekvensanalyse, clustering, samling, identifikation af variation, genom annotation og funktionel kortlægning.

Sektionskoordinator


Gruppeledere

Christian Bendixen

Professor
M
P +4524765330
P +4524765330

Lars-Erik Holm

Seniorforsker
M
P +4587157917
P +4522901463