Stig Uggerhøj Andersen

Projekter

LORE1 mutantpopulation og analyse af nye symbiotiske mutanter

For at kunne karakterisere funktionen af et specifikt gen, er det vigtigt at have adgang til plantelinier, der bærer mutationer i netop det gen. I CARB grundforskningscentret har vi brugt det mobile element Lotus retrotransposon 1 (LORE1) til at opbygge en stor mutantpopulation, hvor vi ved hjælp af high-throughput Illumina-sekventering har identificeret alle mutationer i hver enkelt plantelinje. Denne store og velkarakteriserede population screener vi nu for symbiotiske fænotyper. Når vi har fundet en interessant mutant, kan vi hurtigt identificere det muterede gen, fordi populationen er sekventeret. Projektet sigter mod identifikation og detaljeret karakterisering af nye symbiotiske mutanter for at forbedre forståelsen af symbiotiske interaktioner.  Til dette formål arbejdes ligeledes med isolation og karakterisering af de gener ved hjælp af kort baseret kloning og genom sekventering.

Naturlig variation i planters forsvarsmekanismer og symbiotiske potentiale 

Planter interagerer ustandseligt med mange forskellige mikroorganismer. Nogle er patogene, og planten har et avanceret immunforsvar, som tillader den at forsvare sig mod skadevoldere. Andre mikroorganismer er symbiotiske, og kan hjælpe med at tilføre planten vigtige næringsstoffer, hvis de bliver korrekt modtaget og givet adgang til plantens celler. De symbiotiske og immune reaktioner skal koordineres med plantens vækst og er livsvigtige for planten. Der er derfor et stort evolutionært pres for hele tiden at udvikle og tilpasse disse reaktioner. Vi bruger en samling af forskellige Lotus japonicus økotyper til ved hjælp af associations og QTL analyse at identificere de gener, der regulerer interaktionen med mikroorganismer i naturlige populationer. Projektet involverer bioinformatisk databehandling og kvantitativ fænotypning baseret på billedanalyse.

Regulering af planters forsvarsmekanismer under symbiose

Når planter inviterer symbiotiske mikroorgansimer indenfor, skal den symbiotiske infektion koordineres med plantens forsvarsmekanismer. Endnu vides der meget lidt om de bagvedliggende genetiske komponenter. Ved hjælp af LORE1 mutantsamlingen er vi er nu ved at etablere et sæt af Lotus linjer med mutationer i de centrale gener, der styrer plantens forsvarsmekanismer. Ved at undersøge effekten af disse ændringer i forsvarssystemerne på plantens symbiotiske respons, kan vi identificere de forsvarssignaler, der er vigtigst for kontrollen med den symbiotiske infektionsproces.