Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Stefan McKinnon Høj-Edwards: Bedre forståelse af de biologiske processer ved integration af data i genetiske modeller

Ph.d.-forsvar, fredag den 24. oktober 2014. Cand.scient. Stefan McKinnon Høj-Edwards

Stefan McKinnon Høj-Edwards

I sit ph.d.-studie har Stefan McKinnon Høj-Edwards undersøgt en tilgang til at integrere eksterne data i analysen af genetiske varianter. Denne analyse bygger på den robuste statistiske metode “Linear Mixed Models” (LMM) og har givet os mulighed for at integrere stort set alle typer eksternt information, såsom KEGG pathways, Gene Ontologi gensæt, eller andre funktioner afledt af det genomiske data-sæt (“Genomic Features”), for at estimere det samlede bidrag fra de genetiske varianter der findes i spredte genetiske regioner til fænotyper af kvantitative egenskaber. Analysen af disse kvantitative egenskaber er hæmmet af det utal af gener, der styrer egenskaben, da hver af disse gener har en lille til moderat effekt, der kan være vanskelig at finde. Men ved at kigge på f.eks. sæt af gener kan det blive lettere at vurdere en sammenhæng mellem sæt af gener og den kvantitative egenskab.

Ph.d.-studiet er gennemført ved Center for Kvantitativ Genetik og Genom Forskning (QGG), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet


Tid:
Fredag den 24. oktober 2014, kl. 10.00
Sted: Bygning A10, lokale 3 og 4, AU Foulum, Blichers Allé 20, 8830 Tjele
Afhandlingens titel: Improving Biological Understanding and Complex Trait Prediction by Integrating Prior Information in Genomic Feature Models
Kontaktinfo: Stefan McKinnon Høj-Edwards, e-mail: Stefan.Hoj-Edwards@agrsci.dk, tlf.: 8715 7969
Bedømmelsesudvalg:
Professor John Woolliams, Roslin Institute, University of Edinburgh
Professor Anders Krogh, Bioinformatics Centre, Section for Computational and RNA Biology, Department of Biology, Copenhagen University
Professor Just Jensen, Institut for Molekylær Biologi og Genetik, Aarhus Universitet (formand)
Hovedvejleder: Seniorforsker Peter Sørensen, QGG, Aarhus Universitet
Medvejleder: Seniorforsker Per Madsen, QGG, Aarhus Universitet, og Seniorforsker David Edwards, QGG, Aarhus Universitet.
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk.

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Science and Technology/GSST, Ny Munkegade 120, bygning 1521, lokale 112, 8000 Aarhus C