I sit ph.d.-projekt har Irene van den Berg brugen af sekvensdata til genomisk prediktion for malkekvæg undersøgt. Den væsentligste fordel ved sekvensdata i forhold til de markører der generelt bruges er, at fuld sekvens indeholder de kausale mutationer eller markører i meget høj koblingsuligevægt med disse. Sekvensdata kan potentielt forbedre genomisk prediktion specielt i situationer med lav koblingsuligevægt, som ved genomisk prediktion på tværs af racer.

Formålet i denne ph.d.-afhandling var, at øge sikkerheden ved genomisk prediktion for malkekvæg ved brug af sekvensdata. Fordi sekvensdata forventeligt kan øge sikkerheden for genomisk prædiktion ved at selektere varianter tæt på den kausale mutationer og ikke bruge al sekvensdata til genomisk prædiktion direkte, fokuserer en stor del af afhandlingen på at detektere sådanne varianter. Efterhanden, den udvalgte varianter var brugt for genomisk prædiktion, resulterende i øgninger på sikkerheden op til 10%. Resultaterne i denne afhandling demonstrerer at sekvensdata kan øge sikkerheden af genomiske prædiktioner betydeligt, specielt ved multi-race prædiktioner. For at opnå disse forbedringer, er det essentielt med en kritisk udvælgelse af sekvensvarianter.

Ph.d.-studiet blev gennemført ved GABI unit ved AgroParisTech og INRA, og ved Center for Kvantiativ Genetik og Genomer, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Videnskab og Teknologi, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Dato: Mandag den 7. september 2015, kl. 14.30
Sted: 16 rue Claude Bernard, AgroParisTech, Paris, Frankrig
Afhandlingens titel: The use of whole sequence data for genomic selection in dairy cattle
Kontaktinfo: Irene van den Berg, e-mail: irene.vandenberg@mbg.au.dk, tlf.: 87 15 49 84
Bedømmelsesudvalg:
Seniorforsker Allessandra Stella, Parco Tecnologico Padano, Italien
Seniorforsker Mario Calus, Animal Breeding and Genomics Centre, Wageningen University, Holland
Leder af Genetik Afdeling Laurent Journaux, Institut de l’Elevage, Frankrig
Seniorforsker Didier Boichard, UMR GABI, INRA, Frankrig
Professor Just Jensen (formand), Institut for Molekylær Biologi og Genetik, Aarhus Universitet
Professor Etienne Verrier, UMR GABI, AgroParisTech, Frankrig
Hovedvejleder:
Seniorforsker Didier Boichard, UMR GABI, INRA, Frankrig
Professor Mogens Sandø Lund, Institut for Molekylær Biologi og Genetik, Aarhus Universitet
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk