Symbiose mellem et "parasitgen" og dets vært



Nyheder

Figur. Søren Lykke-Andersen.
<b> Figur 1 | snoRNA-molekylets struktur styrer produktionen af dets proteinkodende værtsgen. </b> Skematisk illustration af et snoRNA, som ved hjælp af to forskellige strukturer kan bestemme udfaldet af RNA-produktionen af værtsgenet. Til venstre indtager snoRNA’et en bestemt struktur ved hjælp af binding til flere specifikke proteiner. Denne struktur medfører dannelsen af et ikke-kodende RNA, som bliver nedbrudt og derfor ikke giver anledning til proteinproduktion. Til højre indtager det nøgne snoRNA en anden struktur, hvilket medfører syntesen af et protein-kodende RNA fra værtsgenet, som ultimativt betyder proteinproduktion. Figur. Søren Lykke-Andersen.
<b> Figur 2 | Oversigt over de evolutionære placeringer og funktioner af snoRNA’er. </b> Venstre: snoRNA’et optræder som et selvstændigt gen med alle nødvendige startmekanismer for at kunne blive oversat til et funktionelt RNA-molekyle. Midtfor: snoRNA’et er indlejret som et parasitgen i et værtsgen i de ikke-kodende intron-dele. Syntesen af snoRNA’et er afhængig af syntesen af værtsgenet. De grønne bokse angiver exons og de røde streger introns. Til højre: I det nye nævnte studie, påvises det, at et specifikt intron-indlejret snoRNA styrer splejsningen – og derved genekspressionen af dets værtsgen. Figur. Søren Lykke-Andersen.

19.09.2018 | Forskning

Symbiose mellem et "parasitgen" og dets vært

Et dansk forskerhold har beskrevet en kompleks symbiose mellem et "snyltende" ikke-kodende RNA-gen og dets proteinkodende værtsgen i humane celler. Undersøgelsen afslører, hvordan co-evolution af værts- og parasitgen har medført en feedback-mekanisme, hvori parasitgenet indtager en helt ny og overraskende rolle som hovedregulator af værtsgenets…

Avanceret fluorescensmikroskopi har vist, at strukturændringen på ribosomet af proteinet kaldet EF-Tu er langt mindre end tidligere antaget. Foto: Yale E. Goldman.
Afkodning af det genetiske budskab på ribosomet. Figuren viser, hvordan aa-tRNA (bøjet rød linie) afleveres af EF-Tu (grøn) på ribosomet (lyseblå) i en trinvis proces, som kan følges ved hjælp af avanceret fluorescens-mikroskopi. I trin I bindes aa-tRNA i kompleks med EF-Tu·GTP i nærheden af det ribosomale A-site. I trin II foretages den første test af, om kodon og anti-kodon passer sammen, hvilket kan føre til hydrolysen af GTP bundet af EF-Tu. Efter endnu en korrekturlæsning af aa-tRNAs antikodon i trin III bliver aa-tRNAet optaget helt I det ribosomale A-site med assistance fra EF-Tu, som begynder at ændre form i dette trin. EF-Tu fuldender først sin strukturelle ændring efter at have forladt ribosomet i trin IV. Figur: Chunlai Chen og Charlotte Rohde Knudsen.

17.09.2018 | Forskning

Avanceret fluorescens-mikroskopi afslører nye sider af proteins færden på ribosomet

Proteinet kaldet translationselongeringsfaktor EF-Tu er en velkendt deltager i proteinsyntese-processen. En ny videnskabelig artikel beskriver hidtil ukendte sider af dette velbeskrevne protein, som viser sig at spille en endnu større rolle for translationens nøjagtighed end hidtil antaget. Resultaterne kan få indflydelse på den medicinske og…

AU-forskere har gennemført en ny vellykket screeningsstrategi, hvor de har identificeret nye inhibitorer af alfa-synuclein aggregering. Dette kan bidrage til at udvikle en kur mod Parkinsons sygdom. (Foto: colourbox.com)
Grafisk overblik over screening af 746.000 forbindelser til hæmmende virkninger af alfa-synuclein aggregering. (Grafik: Daniel Otzen)

11.09.2018 | Forskning, Videnudveksling

Screening af proteiner kan bane vej for behandling af Parkinsons sygdom

Parkinsons sygdom er den mest almindelige neurodegenerative sygdom, og i øjeblikket er der ingen kur. Sammenhobning af proteinet α-synuclein spiller en central rolle i denne sygdom. I samarbejde med et amerikansk lægemiddelsfirma har AU-forskere nu gennemført en ny screeningsstrategi, der har identificeret nye og strukturelt forskellige…

<b>GTPaser er molekylære kontakter, som fungerer efter et karakteristisk cyklisk mønster.</b> Når en GTPase er bundet til GTP (højre), er den aktiv eller ”tændt”. I denne tilstand kan GTPasen binde til såkaldte effektor-molekyler (nederst), som bringer GTPases signal videre i cellen. Vekselvirkningen med effektoren får GTPasen til at hydrolysere den bundne GTP, hvorved GTPasen overgår til sin inaktive, ”slukkede” GDP-bundne form (venstre). GTPasen kan reaktiveres via interaktion med en guanin-nukelotid exchange faktor, som fremmer udskiftningen af den bundne GDP med GTP (øverst). Figur: Charlotte Rohde Knudsen.
<b>Måling af afstande i EF-Tu’s strukturelle yderpunkter.</b> Elongeringsfaktor Tu består af tre strukturelle enheder, hvoraf domæne I (grøn) er involveret i bindingen af GTP/GDP (magenta). Domæne I kan rotere relativt til domæne II/III (lys/mørk blå), hvorved to strukturelle yderpunkter opstår: en ”lukket”, aktiv form (til venstre) og en ”åben”, inaktiv form (til højre). Afstanden mellem fluorescens-donor og -acceptor i de to former er vist med den gule linie. Man har hidtil troet, at den lukkede form opstod ved binding af GTP, men de nye resultater viser, at EF-Tu·GTP skal bindes til aminoacyleret tRNA og ribosomet, før den aktive form dannes. Figur: Charlotte Rohde Knudsen.

10.09.2018 | Forskning

Molekylære kontakter er ikke bare ”tændte” eller ”slukkede”

Det er ikke altid nemt at se, om en kontakt er tændt eller slukket! Et nyt studium viser, at det samme kan gøre sig gældende for en molekylær kontakt. Denne viden giver et nyt syn på de molekylære kontakter, GTPaserne, hvoraf mange er mulige medicinske mål.