Xiangyu Guo: Genomisk prædiktion og GWAS for reproduktionsegenskaber i danske svin
Ph.d. -forsvar, mandag den 29. februar 2016. Xiangyu Guo.
I hendes Ph.d.-studie har Xiangyu Guo undersøgt forskellige måder at forbedre genomisk prædiktion og genomiske associationsstudier (GWAS) for kuldstørrelse og smågrisedødelighed i svin. Kuldstørrelse og smågrisedødelighed er vigtige egenskaber i svineavlen. Egenskaberne er forholdsvist svære at forbedre med traditionel selektion da disse egenskaber har lav arvelighed og dyr er selekteret før de har egen måling. Ved brug af genomiske data kan dyr blive selekteret nøjagtigt tidligt i deres liv hvilket er specielt gavnligt til genetisk forbedring af komplekse egenskaber så som reproduktionsegenskaber.
I hendes afhandling, først er genomisk prædiktion forbedret ved at bruge en “single-step BLUP” metode som benytter information fra genotypede såvel som ikke-genotypede individer simultant. Resultaterne viser at stimerede genomiske avlsværdier er mere præcise end traditionelle estimerede avlsværdier og estimater af genotypede og ikke-genotypede dyr gensidigt gavner hinanden. Dernæst, er foreslået en bayesiansk mixture-model og en ny metode til quantitative trait loci (QTL) regions analyse til at finde QTL områder. Femten vigtige QTL områder er identificeret og disse bidrager til bedre forståelse af egenskaberne kuldstørrelse og smågrisedødelighed. Til sidst, resultaterne viser at modeller som inkluderer dominans genetiske effekter forbedrer genomisk prædiktion.
Ph.d.-studiet blev gennemført ved Center for Kvantitativ Genetik og Genomstudier, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Naturvidenskab og Teknologi, Aarhus Universitet.
Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.
Tid: Mandag den 29. februar 2016, kl. 13.00
Sted: Auditoriet, Aarhus Universitet, Foulum, Blichers Allé 20, 8830 Tjele
Afhandlingens titel: Genomic prediction and GWAS for reproduction traits in Danish pigs
Kontaktinfo: Xiangyu Guo, xiangyu.guo@mbg.au.dk, +45 8715 4987
Bedømmelsesudvalg:
Professor Haja Kadarmideen, Department of Veterinary Clinical and Animal Sciences, University of Copenhagen
Professor Pekka Uimari, Department of Agricultural Sciences, University of Helsinki
Associate professor Bernt Guldbrandtsen (formand), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Hovedvejleder:
Seniorforsker Guosheng Su, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Medvejledere:
Professor Mogens Sandø Lund, Institut for Molekylær Biologi og Genetik, Aarhus Universitet
Seniorforsker Ole Fredslund Christensen, , Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Professor Yachun Wang, Department of Animal Science and Technology, China Agricultural University Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk
Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Science and Technology/GSST, Ny Munkegade 120, bygning 1520, lokale 128-134, 8000 Aarhus C.