Xiaoping Wu: Forbedret QTL kortlægning og genetisk evaluering med forskellige metoder og markørtætheder
Ph.d.-forsvar, onsdag den 26. november 2014. Xiaoping Wu.
Genomiske associationsstudier (GWAS) og genomisk selektion er vigtige metoder i relation til genetiske forbedringer af husdyr. Formålet med dette Ph.d. projekt var, at undersøge metoder og modeller til GWAS og genomisk prediction ved brug af forskellig markørtæthed. Studiets konklusioner er: 1) Den statistiske styrke af QTL-detektion kan øges ved at øge markørtætheden. Desuden er bayesianske mixturmodeller kombineret med QTL-intensitetsprofiler bedre end lineære modeller til at forfine QTL regioner og give klare skæl imellem forskellige regioner. 2) Sikkerheden på genomiske prediktioner stiger ved nære slægtskaber imellem individer i henholdsvis trænings- og testdatasættet, imens de falder ved nære slægtskaber imellem individer indenfor træningsdatasættet. Ydermere predikterer bayesianske mixturmodeller bedre end GBLUP, specielt når slægtskaberne imellem trænings- og testindivider er svage. 3) Udnyttelse af GWAS-resultater til at separere SNPer I to grupper med forskellig varians kan være en alternativ metode til at forbedre genomiske prediktioner. Ydermere gav det en lidt højere sikkerhed i genomiske prediktioner, at kombinere refererencepopulationer fra forskellige racer, sammenlignet med brug af referencepopulationer indenfor de enkelte racer.
Ph.d.-studiet er gennemført ved Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Science and Technology, Aarhus Universitet.
Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.
Tid: Onsdag den 26. november 2014 kl. 10:00
Sted: Meeting room 4, Department of Animal science and Technology, China Agriculture University, China
Afhandlingens titel: GWAS and genomic prediction based on markers of SNP-Chips and sequence data in dairy cattle populations
Kontaktinfo: Xiaoping Wu, e-mail: Xiaoping.wu@mbg.au.dk, tlf: 91729856
Bedømmelsesudvalg:
Professor Georg Thaller, Institut für Tierzucht und Tierhaltung, Christian-Albrechts-University Kiel, Germany
Professor Ning Yang, Department of Animal science and Technology, China Agriculture University, China
Professor Yan Fu, College of Animal Science, University of Zhejiang, China
Professor Jun Ren, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agriculture University, China
Professor Just Jensen (chair), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Hovedvejleder:
Professor Dongxiao Sun, Department of Animal science and Technology, China Agriculture University
Seniorforsker Guosheng Su, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Medvejleder:
Professor Qin Zhang, Department of Animal science and Technology, China Agriculture University
Professor Mogens Sandø Lund, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk.