Genomiske associationsstudier (GWAS) og genomisk prædiktion af avlsværdier er vigtige redskaber i kortlægningen af gener og genetisk forbedring af husdyr. En effektiv metode, til at øge sikkerheden på GWAS og genomisk prædiktion er, at anvende data, der kombinerer forskellige populationer. Her er det vigtigt at tage interaktioner mellem gener og miljø i betragtning. Formålet med Xiujin Li’s ph.d.-studier har været at foretage GWAS og genomisk prædiktion i mange populationer af Holstein kvæg og undersøge interaktionen mellem genotype og produktionsmiljø i forskellige lande. Resultaterne har ledt til følgende konklusioner: 1) Prædiktionssikkerheden i brasilianske Holstein kvæg kan øges ved at tilføje genotypeinformation fra nordiske og franske tyre til datasættet, og der er en høj grad af interaktion mellem genotyper og miljø i brasilianske og nordiske (eller nordiske og franske) populationer. 2) Kombination af data fra kinesiske og danske Holstein populationer kunne øge sikkerheden i GWAS, lede til kortlægning af nye QTL regioner for mælkefedtsyreegenskaber sammenlignet med analyser baseret på en enkelt population, og til identifikation af 56 SNP med signifikante forskelle mellem to populationer. 3) En ny bayesiansk multiegenskabsmodel kunne effektivt estimerer regionspecifikke genomiske varianser, ko-varianser og korrelationer mellem kinesiske og nordiske Holstein populationer. Selvom den overordnede korrelation mellem de to populationer var meget positiv, har enkelte regioner vist en meget negativ genomisk korrelation for mælke- og fedtydelse, hvilket er nyttigt i forståelsen af interaktionen mellem genotype og miljø i de to populationer.

Ph.d.-graden blev opnået ved Institut for Husdyrvidenskab og Teknologi, China Agriculture University, og Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning ved Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: Mandag den 30. november 2015, kl. 10:00
Sted: Konferencelokale 4, Institut for Husdyrvidenskab og Teknologi, China Agriculture University
Titel på afhandling: Methods to improve genomic prediction and GWAS using combined Holstein populations
Kontakt information: Xiujin Li, e-mail: xiujin.li@mbg.au.dk, tel.: +86 15801564659
Medlemmer af bedømmelsesudvalget:
Professor Georg Thaller, Institut für Tierzucht und Tierhaltung, Christian-Albrechts-University Kiel, Tyskland
Professor Ning Yang, Department of Animal science and Technology, China Agriculture University, Kina
Professor Yan Fu, College of Animal Science, University of Zhejiang, Kina
Professor Yuchun Pan, School of Agriculture and Biology, Shanghai Jiao Tong University, Kina
Professor Just Jensen (formand), Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Hovedvejledere:
Professor Qin Zhang, Department of Animal Science and Technology, China Agriculture University
Seniorforsker Guosheng Su, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
medvejledere:
Professor Mogens Sandø Lund, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet
Associate professor Xiangdong Ding, Department of Animal Science and Technology, China Agriculture University
Sprog: Afhandlingen vil blive forsvaret på engelsk.