Vikas Gupta har i sit ph.d.-studium anvendt next-generation sequencing (NGS) til analyse af genomerne for Lotus, blåbær og edderkopper. Behovet for analyse af den store og stadigt voksende mængde sekvens- og genomdata giver et tilsvarende voksende behov for effektive, brugervenlige og bredt tilgængelige computer-værktøjer. Vikas Gupta har i sit ph.d.-projekt udviklet to sådanne værktøjer, shortran og GABox, til analyse af small RNA data til og genom-annotering.

I Lotus blev en specifik miRNA identificeret, der viste et symbiose-afhængigt udtryksmønster. I blåbær blev det opdaget, at gener, der koder for enzymer involveret i anthocyanin biosyntese er over-udtrykt i moden frugt og det blev også opdaget at flere andre gener har såkaldt alternativ splicing, der reguleres af plantens vækstfase. I edderkopper blev genomannotering understøttet af proteomics brugt til at undersøge af silke- og gift-relaterede gener.

Disse opdagelser har bidraget til forståelsen af Lotus, blåbær og edderkopper på det molekylære niveau og de udviklede computerværktøjer og bioinformatiske ressourcer kan også bruges af andre forskere, der arbejder med lignende projekter.

Ph.d.-studiet er gennemført ved Center for Bioinformatik (BiRC) og Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet.

Tid: Fredag den 24. oktober 2014, kl. 13.15
Sted: Bygning 1110, lokale 223, Center for Bioinformatik (BiRC), Aarhus Universitet, C.F. Møllers Allé 8, 8000 Aarhus C
Afhandlngens titel: Applied bioinformatics: Genome annotation and transcriptome analysis
Kontakt information: Vikas Gupta, e-mail: vgupta@birc.au.dk, tlf.: 50393834
Bedømmelsesudvalg:
Lektor James Taylor, Department of Biology John Hopkins University Baltimore, U.S.A.
Senior Bioinformatics Scientist Igor Kardailsky, CLC bio, a QIAGEN company, Danmark.
Lektor Ira Assent (formand), Institut for Datalogi, Aarhus Universitet.
Hovedvejleder:
Lektor Christian Nørgaard Storm Pedersen, Center for Bioinformatik (BiRC), Aarhus Universitet.
Medvejleder:
Lektor Stig Uggerhøj Andersen, Institut for Molekylærbiologi og Genetik, Aarhus Universitet.
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk.

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Science and Technology/GSST, Ny Munkegade 120, bygning 1521, lokale 112, 8000 Aarhus C.