Afbræk fra træet – rekonstruering af den genomiske historie af arter

Different parts of the genome have different genealogical histories. In this figure, horizontal lines represent the genomes of three species – human, chimpanzee and gorilla. The phylogenetic tree reconstructed from the purple segment groups humans and chimpanzees, who they share a closer common ancestor. The tree reconstructed from the green segment, in contrast, groups humans and gorillas together. Characterizing the phylogenetic history of these genomic fragments can help us understand how natural selection has affected the genomes of the ancestral species.

25. september 2023 af Lisbeth Heilesen

Fortidens begivenheder i genomer af forskellige arter kan ikke repræsenteres af et enkelt fylogenetisk træ. I stedet for, grundet rekombinations indflydelse, har forskellige dele af genomet forskellige evolutionære historier. Gennem brug af statistiske og computerbaserede værktøjer til at sammenligne mutationer akkumuleret i DNA af nulevende arter, har Iker Rivas-González udledt disse forskellige evolutionære historier langs genomer af diverse dyregrupper, inkusiv primater, pungdyr og fugle. Med denne information, karakteriserede Iker Rivas-González hvilke gener som var påvirket af naturlig selektion i de tidligere arter millioner af år i fortiden, som inkluderer, for eksempel, immunsystem gener. Ud over at analysere empirisk data bidrog Iker Rivas-González også til at udvikle nye algoritmer til at genskabe den genomiske historik af arter mere præcist.

Ph.d.-studiet er gennemført ved Bioinformatics Research Centre (BiRC), Faculty of Natural Sciences, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: mandag den 25. september 2023 kl. 14:00
Sted: Bygning 1870-716, Bioinformatics Research Centre (BiRC), Aarhus Universitet, Universitetsbyen 81, 8000 Aarhus C.
Afhandlingens titel: Ancestral multi-species population genomics
Kontaktinfo: Iker Rivas-González, e-mail: irg@birc.au.dk, tlf.: +45 44 18 53 44

Bedømmelsesudvalg:
Professor Richard Durbin, Department of Genetics, University of Cambridge, United Kingdom

Professor Matthew Hahn, Department of Biology and Department of Computer Science, Indiana University, United States of America

Associate Professor Thomas Bataillon (forperson), Bioinformatics Research Centre (BiRC), Aarhus University, Denmark

Hovedvejleder:
Professor Mikkel Heide Schierup, Bioinformatics Research Centre (BiRC), Aarhus University, Denmark

Medvejleder:
Professor Mikkel Heide Schierup, Bioinformatics Research Centre (BiRC), Aarhus University, Denmark

Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Natural Sciences (GSNS), Jens Baggesens Vej 53, bygning 5221, 8200 Aarhus N.